انقلاب شکوهمند اسلامی و پیروزی آن، فضای بسیار مناسبی را برای بسط و گسترش اندیشه‌های مختلف فراهم کرد؛ اما در این میان، برخی از گروه‌ها و اندیشه‌ها پا را از حریم خویش فراتر گذاشته و از فرصت به‌وجودآمده برای نقد اسلام و از آن بالاتر، زدن ریشه اسلام استفاده کردند. نماد بارز این گروه، فرقان بود که به‌نوعی پرچمدار مارکسیسم اسلامی نیز محسوب می‌شد و نماد بارز مقابله فکری با این گروه نیز شهید مرتضی مطهری بود.
صحت و قوت استدلال‌های شهید مطهری، اعتقاد راسخ به برتری قرآن و تفسیر اسلامی از آن در مقابل تفسیر مارکسیستی از قرآن، اعتقاد به پیراستگی دین اسلام و مقابله فکری با گروهک فرقان، در نهایت منجر به این شد که این گروهک چاره‌ای جز حذف فیزیکی شهید مطهری نداشته باشد.
عمده اختلافات شهید مطهری با فرقان، اختلاف ایدئولوژیک بوده و تبار فکری داشته است. اصطلاح ماتریالیسم منافق، که به‌درستی از سوی علامه مطهری برای آن‌ها انتخاب شده است، به‌هیچ‌وجه به مذاق فرقان خوش نیامده است و جالب آنکه شهید مطهری را به علت وضع این اصطلاح، بدعت‌گذار در دین معرفی می‌کنند. از سوی دیگر، فرقان خود را به‌مثابه بهترین فرزندان اسلام تلقی می‌کرده است و اقدامات شهید مطهری علیه خود را به‌مثابه اقدام علیه اسلام نابی می‌داند که فرقان نماینده آن است. نگارش کتاب خدمات متقابل اسلام و ایران نیز گوشه‌ای دیگر از نبرد فکری شهید مطهری علیه فرقان را برملا می‌سازد.
در ادامه دکتر حسین غفاری از شاگردان آیت‌الله مطهری از اولین مواجهه‌های استاد شهید با انحرافات فکری فرقان می‌گوید:
«حدود سال‌های 54 و 55 بود که گروهک فرقان جزوه‌هایی را به شکل پلی‌کپی در دانشگاه‌ها پخش کردند. آقای مطهری بسیار ناراحت بود و احساس خطر می‌کرد و در مقدمه علل گرایش به مادی‌گری هم به این مسئله اشاره و آن‌ها را افشا کرد. پس از چاپ این مقدمه برخی اعضای این گروه به انتشارات حکمت آمدند و به من گفتند: «به مطهری بگو اگر این افشاگری‌ها را ادامه بدهد با او برخورد فیزیکی خواهیم کرد!» من وقتی پیغام آن‌ها را به استاد رساندم گفت: «چه بهتر که من جانم را در راه مقابله با انحراف اسلام از دست بدهم.»
در حقیقت فردی به نام آشوری به گروه فرقان خط فکری می‌داد که آدم تند و هیجان‌زده‌ای بود و لباس روحانیت به تن داشت. یک بار نیم ساعتی با او حرف زدم و دیدم در نظر او، مسائل سیاسی اصل است و مسائل دینی تابعی از سیاست هستند. آن روزها، ادبیات مارکسیستی، ادبیات رایج بود و آن‌ها در تندروی‌های‌شان از این ادبیات بهره می‌گرفتند. از سوی دیگر تحت تأثیر نگاه شریعتی به مسائل اسلامی بودند و این دو نگرش را در هم آمیخته و در قاب تفسیر قرآن و با نگاهی مادی، مطرح می‌کردند. از جمله قیامت را به دوره انقلاب و غیب را مخفی‌کاری زیرزمینی ترجمه می‌کردند و می‌گفتند: «یومنون بالغیب» یعنی کسانی که فعالیت‌های سیاسی زیرزمینی می‌کنند! این روزها چنین ترجمه‌ای از آیات قرآن، مضحک به نظر می‌رسد؛ ولی در فضای مسموم آن روزها، این جور حرف‌ها گاهی خریدار پیدا می‌کرد.
یک بار گفت و گویی بین استاد و آقای آشوری پیش آمد. ایشان آمده و یکی دو ساعتی با استاد بحث کرده بود. استاد بعدها به من گفت: «همه نظریه‌های آن‌ها را رد کردم و آشوری حتی یک کلمه هم حرف نزد.» جالب است که آشوری بعد از این جلسه به مریدانش گفته بود که مطهری در خانه‌ای اشرافی زندگی می‌کند و معتقد است که ما اصلاً فقیر نداریم! در حالی که درباره این موضوع صحبتی نشده و فقط اصول فکری و اعتقادی آن‌ها مورد نقد استاد قرار گرفته بود.»
استاد مطهری آزاداندیش و دارای حریت فکری بود و آزاداندیشی بدون عقل آزاد ممکن نیست. عقلی که از حجاب‌های پیرامونی همچون سنت‌زدگی، تاریخ‌زدگی، تقلید، ترس از اظهارنظر و هواهای نفسانی به دور باشد.
عقل آزاداندیش همراه با روح آزاداندیش است که استاد مطهری دارای این خصیصه بارز بود و به همین دلیل توانست با افکار گوناگون آزادانه برخورد کند. شهید مطهری به معنای واقعی دارای عقلانیت تفکری بود و در نقد و ارزیابی، محک‌های قابل قبولی داشت.
خطرشناسی نیز ویژگی دیگری بود که ایشان توانست به واسطه آن به خوبی نقاط حمله دشمنان فکری را تشخیص دهد و ضمن تحلیل موقعیت به مقابله مناسب بپردازد، وی به خوبی توانست در مقابل خطرات واپسگرایی، تجددگرایی افراطی، التقاط، الحاداندیشی، نفاق فکری، از ساحت متعالی دین دفاع کند و در نهایت همان‌طور که می‌خواست جانش را در این راه فدا کرد.
